Шығыс Қазақстанның аумағында Батыс-Алтай және Марқакөл қорықтары, Катон-Қарағай ұлттық паркі, "Тарбағатай" ұлттық табиғи паркі орналасқан. Оларда дәрілік шөптердің 100-ден астам түрі өседі. Мұнда республиканың өнеркәсіптік орман қорының 70% - дан астамы шоғырланған. Облыс аумағында шамамен жануарлардың 489 түрі, балықтың 37 түрі мекендейді. Ландшафтық алуантүрліліктің арқасында қазақстандық Алтайдың аумағы WWF халықаралық ұйымы (Дүниежүзілік табиғат қоры) белгілеген әлемнің 200 басым жаһандық экологиялық аймағына кіреді.
