Шығыс Қазақстан аумағында Батыс-Алтай және Марқакөл қорықтары, Катонқарағай ұлттық паркі, "Тарбағатай" ұлттық табиғи паркі орналасқан. Оларда дәрілік шөптердің 100-ден астам түрі өседі.
Мұнда республиканың өнеркәсіптік орман қорының 70% - дан астамы шоғырланған. Облыс аумағында шамамен 489 жануарлар түрі 37 балық түрі мекендейді.
Ландшафтық әртүрліліктің арқасында Қазақстандық Алтайдың аумағы WWF халықаралық ұйымы (Дүниежүзілік табиғат қоры) белгілеген әлемнің 200 басым жаһандық экологиялық аймағына кіреді.
