Қазақстанның жер үсті су қорларының шамамен 40% -ы Шығыс Қазақстанда шоғырланған. Облыс аумағы бойынша 1200 өзен ағып өтеді.Еліміздің ең ірі өзені Ертіс Қытай, Қазақстан және Моңғолияның 3 мемлекетінің шекарасынан бастау алады.3 ГЭС каскады Ертіс өзенінде орналасқан: Бұқтырма , Өскемен, Шүлбі.
Шығыс Қазақстанның өзендері балыққа бай, мұнда сіз шортан, көксерке, қарақұйрық, хариус, алабұға және басқа да тұщы су балықтарын аулай аласыз.
Облыстың басты өзені Ертіс Моңғол Алтайынан басталып, Об өзеніне құяды. Су артериясының жалпы ұзындығы: Қара Ертіс-Зайсан-Бұқтырма су қоймасы-Ертіс-Обь 6000 км-ден асады және Миссури Ніл мен Миссисипиден де кем болмайды.Өзен ұзындығы 1311 км - ге жетеді, ені 120-150 м. Ертіс өз жолында көптеген салаларды (өзендерді) алады: Тайнты, Бұқтырма, Уба, Күршім, Нарым, Қарақұба, Альбу, Қайыңды және т.б.Облыстың оңтүстігінде Бақанас, Аягөз, Үржар, Эмл өзендері маңызды су артериялары болып табылады.
