На территории Восточного Казахстана расположены Западно-Алтайский и Маркакольский заповедники, Катон-Карагайский национальный парк, Национальный природный парк «Тарбагатай». В них произрастает более 100 видов лекарственных трав.
Здесь сосредоточены свыше 70% промышленных запасов леса республики. На территории области обитают порядка 489 видов животных 37 видов рыб.
Благодаря ландшафтному разнообразию территория казахстанского Алтая входит в 200 приоритетных глобальных экологических регионов мира, определенных международной организацией WWF (Всемирный фонд природы).
