Хребет Холзун является водоразделом притоков рек Бухтарма и Кокса. В строении хребта Холзун преобладают метаморфизованные породы и интрузиями гранитов. В рельефе хребта преобладают сглаженные очертания вершин, куполообразность гор и достаточно пологие склоны.
