Алтай – административный центр района Алтай. Город расположен в межгорной котловине, окаймлённой сопками и отрогами Алтайских горных хребтов – Холзуна и Листвяги, в 12 км южнее левого берега реки Бухтармы.
Гора Оструха, расположенная в восточной части города, имеет высоту 949,8 м. На юге находится Орлиная гора высотой 1156 м. Эту область Алтайской горной системы исторически называют Рудным Алтаем.